Las fuentes históricas de Armilla son oscuras y poco precisas. Sabemos que ya existía como villa antes de la ocupación romana, aunque los primeros vestigios que se poseen son árabes.

La verdadera historia de Armilla comienza a conocerse en la época de la dominación árabe. Es en esta etapa cuando el municipio empieza a florecer económicamente. Se perfecciona el sistema de regadío con las acequias y trazados de riego de la Vega. Armilla fue denominada Armillat al-Aflum o Armilla del Río durante los años de califato y juega un papel destacado dentro del Reino de Granada. Era tierra de paso de los mercaderes e industriales de la seda hacia la costa así como zona rica en cultivos ya que la buena tierra de labor y regadío hacía que germinaran frutos de calidad superior para la época.

Durante los siglos XI, XII y XIII el reino de Granada surtía a los cristianos de todos los enseres que de la seda se derivaban. Fue en las postrimerías del siglo XV cuando la industria de la seda cobró un gran desarrollo con lo que se llamó la industria del velo. Los artesanos armillenses tejían primorosamente sus sedas.

La prosperidad que esta industria ofrecía fue truncada por la Reconquista, tras la cual se sucedieron las batallas entre moriscos y castellanos. Estos hechos dejaron despoblada la localidad de Armilla y sus campos yermos.

Hacia el año 1574 Armilla comenzó a repoblarse con familias de castellanos viejos a los que se puede considerar como los fundadores de la actual población.

De todas las culturas que pasaron por Armilla, la más destacada y la que más hizo progresar al municipio fue la árabe pues provocó un desarrollo económico que dejó unas infraestructuras muy avanzadas para la época a las que, posteriormente no se les pudo sacar el provecho necesario.

De la historia de Armilla anterior y posterior al Imperio Romano se desconoce bastante. Se cree que fue una pequeña villa con poca población creada por los dominadores atendiendo a la necesidad de tener zonas dedicadas a la concentración militar de sus efectivos.

La verdadera historia de Armilla conocida tiene lugar con la dominación árabe. En esta época el municipio comienza a florecer económicamente.

Armilla al-Aflum, que fue como se la conoció durante los 800 años de califato tiene un papel destacado dentro del Reino de Granada por sus cultivos, su buena tierra de labor y sus regadíos, lo que proporcionaba unos frutos agrícolas de muy buena calidad. Además, Armilla era tierra de paso de los mercaderes en su camino hacia la costa.

Durante este periodo, aprovechando la larga etapa de paz, fue cuando apareció la industria de la seda, que en Granada tuvo tanto esplendor hasta finales del siglo XV, surtiéndose desde aquí a los cristianos de todos los enseres hechos con esta materia prima.

Con la Reconquista de Granada, esta prosperidad comenzó su declive. Los militares cristianos, en su afán por culminar la conquista del Reino, arrasaron con las fuentes de subsistencia de los árabes. Los árboles se talaron indiscriminadamente, las cosechas se desmantelaron y las ricas vegas granadinas fueron sembradas de fuego y muerte.

Armilla sufrió estos acontecimientos muy negativamente. En sus proximidades se libraron numerosas batallas como fue el caso de la toma de la torre de Alhendín, en cuya feroz acometida, los musulmanes huyeron por los llanos de Armilla y fueron perseguidos ferozmente.

Una vez culminada la Reconquista, que dio como resultado la Capitulación de la Ciudad el 25 de noviembre de 1492, los Reyes Católicos ofrecen salvoconductos de salida a la familia real nazarí. Boabdil desalojó la Alhambra y se fue al encuentro del Rey Católico. En las proximidades de Armilla coincidieron ambos monarcas. El Rey Muhammad XI entregó las llaves de la ciudad a don Fernando diciéndole:

-«Gozad Majestad, muchos años del reino mejor del mundo; es la voluntad de Dios. Espero que os traiga más venturas que a mí»-

Boabdil continuó hacia Armilla, donde se encontraba la Reina Isabel. Se reunieron ambas realezas y la reina Católica le entrega a Zoraya, esposa de Boabdil, al hijo prisionero que retenía como rehén.

Este día finalizó para los armillenses el periodo de su mejor historia y cultura. De esa época sólo quedaba un aljibe que se construyó junto a la Iglesia de San Miguel. Este aljibe es recordado con nostalgia por los más viejos del municipio ya que se surtían de ella. Hoy día este aljibe se encuentra tapado por un bloque de pisos que se construyó sobre él.

Tras la expulsión de los musulmanes, pocos fueron los armillenses que decidieron abandonar sus tierras ya que en las capitulaciones se acordó que podían mantener sus tierras y bienes, por lo que estos reiniciaron sus labores agrícolas y artesanales.

Pero poco a poco se les fue incomodando cada vez más ya que no se les permitía integrarse, ni hablar su lengua árabe ni profesar su religión, por lo que muchos de ellos se fueron hacia las Alpujarras. Otros en cambio, se someten al Cristianismo y a la lengua: son los denominados moriscos o mudéjares.

Mas tarde, durante el Reinado de Felipe II, los moriscos de las Alpujarras decidieron levantarse contra las imposiciones a las que se veían sometidos por el monarca. Pero el poder de Felipe II es muy fuerte y los masacran.

Para los moriscos de Armilla, las consecuencias del levantamiento se notaron rápidamente; fueron expoliados y expulsados por decreto. Aunque eran pacíficos, el monarca no quería correr riesgos de otro levantamiento.

A raíz de esto, los campos de la vega se quedaron desiertos. Tan sólo quedaron en Armilla dos familias (los León y los Castillo) descendientes de los castellanos que se habían quedado tras la Reconquista. Otras 34 fueron expulsadas de la península. En total fueron 50.000 personas las que salieron del Reino de Granada.

Mientras, se comenzaron a reclutar voluntarios del norte de España para repoblar estas tierras y casas deshabitadas. Hacia el año 1574 llegaron 20 familias para instalarse y formar el definitivo núcleo de la población que hoy conocemos y que ronda los 19.000 habitantes.